隨著港深創科園的建設逐步推進，樓宇規劃的高度問題逐漸成為社會關注的焦點。根據2013年環境評估報告，該項目的樓宇高度僅為「建議」，並未設置強制限制，這一情況引發了多個環保團體的擔憂。世界自然基金會香港分會的高級經理劉兆強指出，首期園區的樓宇高度最高可達40層，是當初環評報告建議的四倍，這種情況令他深表擔憂。劉表示，由於環評報告的樓高僅為建議，因此當局不需要在程序上重新進行評估，這實際上成為環評工作的一個漏洞。
根據《星島》報導，2013年的「落馬洲河套地區發展」環境許可證中亦未對當地的建築物高度作出具體限制，這使得當局在面對可能的環境影響時，缺乏必要的參考依據。劉兆強建議，港深創科園公司應主動更新保育措施，並與相關利益方加強溝通，以降低開發所帶來的生態影響。這一呼籲特別強調了在大型建設項目中，生態保護應當被放在重要的位置，只有如此才能確保未來的可持續發展。
此外，香港觀鳥會的高級保育主任黃雪媚也表達了她的擔憂。她擔心港深創科園的改劃可能會成為一個不良的先例。她指出，如果在項目發展的後期出現與當初環評不符的情況，那麼迫切需要重新進行評估。而如果缺乏有效的公眾諮詢，則可能會對環境的影響有著嚴重的低估，導致無法逆轉的負面後果。黃雪媚強調，基於對環評報告精神的遵守，當局應該堅持原有評估中提出的緩解保育措施，明確回答樓宇高度增加對生態的具體影響，以及針對這一影響是否已經制定出修復計劃。
她進一步批評，現行的環評機制仍有改善空間，尤其是對於環境許可證的更改申請，目前只需要環保署署長的批准，而無需展開公眾諮詢。這種情況使得環保團體難以在政策制定過程中發表意見，從而降低了社會的參與度和透明度，可能在未來的發展中造成人為的環境損害。
隨著對環保問題越發重視，希望港深創科園在未來的規劃與發展過程中，能夠以更高的標準來審視環境影響，並協同社會各界，攜手為守護生態和保護環境而努力。這既是對自然負責的態度，更是留給未來世代的一份珍貴遺產。
