隨著港深創科園的發展計劃逐步推進，建築物的高度規劃問題引發了環保團體的廣泛關注。根據2013年進行的環境影響評估報告，該項目的樓宇高度僅是建議性質，並未形成強制規定，這一「漏洞」引發了各界對環境影響的擔憂。世界自然基金會香港分會的高級經理劉兆強表示，首期開發的建築物最高可達40層，這一高度是當年環評所建議的四倍之多，這種情況絕對令人擔心。
根據相關資料，2013年的「落馬洲河套地區發展」環境許可證也並未對該地區的建築物高度設置限制。有鑑於此，當局在法律上無需對這一新規劃進行重新評估，這使得開發商能夠輕易推升建築高度，而不需要公開諮詢或考量環境保護的需要。劉兆強呼籲港深創科園公司能夠主動提出更加完善的保育措施，並就建築高度的調整與相關持份者進行交流，以減少對生態環境的負面影響。
香港觀鳥會的高級保育主任黃雪媚也表達了對此情況的擔憂。她指出，這一改劃有可能成為不好的先例，若未來在開發進程中發現與當初環評存在出入，將可能迫使當局重新進行評估，而這樣的改變如未墊底進行公眾諮詢，會嚴重低估新規劃對當地環境的影響，甚至造成無法逆轉的生態破壞。
黃雪媚強調，應遵守環評報告中的保育建議，對於樓宇高度的提升，必須仔細考量其對生態系的進一步影響及相應的修復措施。她對當前的環評機制提出質疑，認為在改變環境許可證的過程中，只需環保署署長批准且無須再進行公眾諮詢這種做法，無法滿足社會對環境保護的期望，需給予環保團體更多表達意見的機會。
隨著這個問題的持續發展，如何平衡經濟發展和環境保護的需求，將成為港深創科園能否成功落地的重要考驗。各界專家及環保團體都在期待政府及開發方能夠采納他們的意見，以確保在未來的建設中不會對脆弱的生態系統造成不可逆的傷害。
