在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中，明確指出香港園區的規劃設計和企業引進管理將堅持環境、社會和管治（ESG）原則，倡導綠色和低碳的理念。然而，為了應對日益增長的需求，第一期樓宇的高度限制得到放寬，最高可日至40層，這一改變引起了部分環保團體的關注。這些團體指出，按照2021年的規劃，原本已考量鳥類的飛行路徑，因而對樓宇高度有所限制。
創新科技及工業局局長孫東在接受《星島》訪問時表示，樓宇設計的過程中充分考慮了生態保護，尤其是最南端的人才公寓限高僅2層，正是為了保護雀鳥的飛行路徑。他強調：「我們在設計時充分考慮了綠色生態的保護，這樣才能在城市規劃中通過各種檢討，讓園區不會觸及自然保護區的界限。」
相較於早期的規劃，第一期園區的總樓面面積達到100萬平方米，這幾乎等同於原計劃中的兩期全面發展後的總樓面面積。孫東透露，為了加速發展，第二期的建設計劃需要重新進行城市規劃。闡釋這一計劃時，他提到，除非在現有應急醫院的原址建設現代化的醫學大樓，其他用地的規劃則還在探索中。他說，當前並不會進行具體細化，這可以被視為「戰略留白」，並相信内地政府會在2027年後加快確定第二期的發展規劃。
第一期園區預計在明年啟用，屆時將有約千名人才進駐。孫東表示，已經有數十家企業表達興趣進駐，並與近百家公司進行洽談，其中大部分是專注於生命健康科技領域的企業。他提到，初期園區的運作中，內地人員主要將通過落馬洲口岸進入園區，屆時會設立特殊通道，方便特定人員乘專車進入，而香港人員則需在特定的上車地點進入園區。具體的運作細則仍需與保安局、運輸及物流局進一步協調。
在涉及《綱要》中提到的保留內地籍人員的社會福利方面，孫東解釋道，香港人員通往深圳工作並不會影響他們在香港的福利，因此他希望能夠為內地人員制定相應的配套措施，以消除他們的後顧之憂，進一步吸引人才前來園區工作，促進科技創新和經濟發展。
孫東對於未來的發展充滿信心，強調香港園區將會成為連結創新科技和經濟潛力的重要樞紐，持續推動生態保護和可持續發展的理念，更好地滿足社會需求。
