在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中，香港園區的規劃設計和企業引進，皆以環境、社會及管治（ESG）等綠色和低碳理念為指導，展現了對生態保護的高度重視。然而，由於總樓面面積的顯著提升，第一期的樓宇設計也相應調整，將原本的高度限制從不超過10層擴展至心高不超過40層的全新規範，這引起了不少環保團體的關注與質疑。
環保團體曾批評此舉與2021年規劃中對鳥類飛行路徑的考量不符，認為此舉可能造成生態環境的破壞。然而創新科技及工業局局長孫東在接受《星島》訪問時反駁道，設計樓高時已充分考慮環境保護因素，包括對於南端人才公寓的高度限制仍保持在2層，以顧及飛鳥的自由飛行路徑。他強調，「把樓建得很低」的設計理念正是為了保護自然生態和環境，並且在設計過程中已經考量到不觸及自然保護區的規範。「綠色生態保護的因素已納入設計考量中，否則在城市規劃上是無法獲得批准的。」孫東表示。
隨著第一期園區預計於明年正式啟用，目前已有上千人計劃進駐，這無疑將為香港的科技創新活動注入新的活力。第一期的總樓面面積已經增加至100萬平方米，該項目幾乎等同於原先規劃的兩期全面發展後的總面積，這顯示出香港科技園區在提升發展速度和吸引企業方面的雄心。
由於空間的重新分配，孫東坦承第二期的發展計劃需要重新進行城市規劃，這也為未來的發展留下一定的“戰略留白”。他透露，雖然第二期的具體計劃尚未細化，但初步的規劃方案已經在進行中，其中包括在應急醫院原址建設現代化醫學大樓的計劃。他強調，隨著時間推進，內地政府在2027年後也會加速確定第二期的發展方案。
在第一期園區運作的初期，入口管理將以落馬洲口岸為主要通道，特定的內地人員將透過專車順利前往園區，這些安排旨在方便通行並提高內地與香港的科技交流。同時，香港人員也需要在指定的上車點進入園區，具體措施正在與保安局和運輸及物流局進行協商。孫東更提到，根據《綱要》的指導，當局會積極探討如何保留內地籍人員在內地社會福利的保障，這是希望吸引更多外來人才進入園區工作的有效舉措，並同時解決內地員工的後顧之憂。
這些措施和計劃的實施，不僅意在推動香港科技創新合作區的建設，也希望能夠為整個地區的經濟與社會發展帶來積極影響。孫東的使命感和對未來的展望，讓人對科技創新合作區的未來充滿期待。
