在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中，明言香港園區的規劃設計將秉持環境、社會和管治（ESG）及綠色低碳的核心理念。不過，由於第一期樓宇的總樓面面積大幅上升，最高建築的高度也隨之提升，從最初的十層擴增至最高可達四十層。
針對有環保團體的質疑，認為此舉與過去因考慮到雀鳥飛行路徑而設限高的規劃相矛盾，創新科技及工業局局長孫東重申，樓高設計的過程中已充分顧慮到生態環境的保護。例如，位於園區最南端的專為人才設計的公寓，仍然控制在兩層的高度，這一措施正是為了保障飛鳥的飛行路徑不受影響。他強調，園區的發展並未觸及自然保護區，並在規劃中充分考量生態保護的各方面因素，若未能遵循這些原則，城規也不會獲批。
孫東在接受《星島》新聞專訪時透露，第一期園區預計於明年正式啟用，首批將有約千人進駐。這一階段的開放，不僅意味著創新科技的快速發展，也將為香港及大灣區的經濟增長注入新的活力。據悉，園區的總樓面面積將達到100萬平方米，幾乎相當於原本兩期全面發展後的總樓面面積，這一巨大擴張有助於在短期內獲得更多企業的進駐。
值得注意的是，由於第一期的面積大幅增加，孫東坦言第二期的發展計劃迫需重新進行城市規劃。他透露，第二期園區將著重於在應急醫院的原址上建設一棟現代化的醫學大樓，其他用地的初步規劃方案也在醞釀當中。他指出，對於未來的發展細節不作過多透露，是出於「戰略留白」的考量，並期待到2027年時，中國內地政府將迅速確定第二期的發展方向。
除了建築與規劃的問題，孫東還提到，園區在開放初期將配置便捷的交通安排，特別是針對內地人員的通行。他表示，會在落馬洲口岸設立特殊通道，讓特定人員能夠乘坐專車進入園區，而香港人員也需要在特定站點上車進入園區，具體措施正在與保安局及運輸和物流局協調中。
在對如何處理內地籍人員的社會福利問題上，孫東指出，香港人員前往深圳工作不會影響在港的福利，期待內地人員也能有相應的保障措施，以提升園區對人才的吸引力，進而促進創新科技的發展。
整體而言，河套深港科技創新合作區的規劃與建設，秉持著生態保護與經濟發展的雙重理念，力求在科技創新領域開創出更大的前景。
