在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中，香港園區的規劃與設計不僅重視經濟發展，也堅持環境、社會和管治（ESG）、以及綠色和低碳理念。隨著第一期的樓面面積大幅增至100萬平方米，原本的建築高度限制——不超過10層，現在被調整至不高於40層的全新設計。這一變化引起了部分環保團體的擔憂，他們批評此舉與之前考慮鳥類飛行路徑的限高規劃背道而馳。
面對這些質疑，創新科技及工業局局長孫東表示，在樓高設計的過程中，他們遵循了生態保護的原則，特別是在區域最南端設置的2層人才公寓，就是一個明確的例證。他指出，這樣的設計是為了顧及雀鳥的飛行路徑，避免對當地生態造成不良影響。他還強調，這些建築設計并未觸及自然保護區，因此「綠色生態保護的各項考量都已納入設計中，否則將無法通過城規。」
展望未來，孫東透露，第一期園區計劃於明年啟用，預期會有首批千人進駐。他表示，目前已有數十間潛在租戶進行洽談，其中大部分是生命健康科技企業。這顯示出該園區在科技創新領域的強大吸引力。此外，與內地的交通便利也將是園區運作的重要一環。開放初期，內地人員將主要通過落馬洲口岸過境，並且會設有特殊通道以便利特定人員的往來，香港的工作人員則需在特定站點上車進入園區，具體的安排仍需與相關部門深度對接。
對於第二期的發展，孫東坦言，由於第一期的樓面面積增至100萬平方米，基本達到了原來兩期綜合的規模，因此第二期的城規需要重新規劃。目前，第二期的部分用地有初步的規劃方案，其中包括在應急醫院原址建設現代化醫學大樓。他強調，對於未來規劃的細節保留，這是一種“戰略留白”，預計到2027年之後，內地政府將加快對第二期發展的確定步伐。
孫東也提到，《綱要》中對於內地籍人員的社會保障問題的討論，為了吸引優秀人才前來工作，必須提供一定的保障措施。他希望這些安排能消除內地員工的“後顧之憂”，促進他們在香港園區的工作意願，進而加速整個區域的科技創新及經濟發展進程。
