在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中，香港園區的規劃設計著重於環境、社會及管治（ESG）理念，並強調綠色和低碳的發展方向。近期，創新科技及工業局局長孫東針對一期樓層規劃的調整發表看法，特別是在總樓面面積大幅增加的背景下，最大樓高由原來的10層放寬至不超過40層，引起了外界對環境影響的關注。
有環保團體指出，這一規劃與2021年為了保護雀鳥飛行路徑而設的限高政策相違，孫東對此做出了回應。他強調，在設計樓高時，環境保護的考量始終貫穿始終，包括南端的人才公寓仍然限制在兩層高，以保護雀鳥的飛行路徑。他表示，這一系列的設計選擇是為了不觸碰到自然保護區，並且將綠色生態保護的原則納入考量，以確保能夠通過城規的審核。
第一期園區預計將於明年啟用，對應的總樓面面積將達到100萬平方米，這一數據幾乎等同於早先規劃的兩期全面發展的總面積。孫東指出，因為要加速發展，第二期的建設方案需要重新規劃，具體來說，第二期園區計劃在現有的應急醫院原址上建設現代化醫學大樓，此外，初步規劃方案也在醞釀中。他透露，「戰略留白」意味著目前不細化的計劃是為了未來發展留有靈活空間，並表示相信內地政府將在2027年後儘快確定第二期的具體發展計劃。
針對園區的使用者，孫東提到，第一期園區預計將有千人進駐，並且目前已有數十家潛在租戶正在洽談當中，這些租戶幾乎全部來自生命健康科技領域。在園區開放初期，內地人員主要透過落馬洲口岸過境進入園區，屆時將會設有特殊通道安排，便於特定人員搭乘專車前往。此外，香港人員也需在特定的站點上車入園，這些具體措施將會與保安局及運輸及物流局進行更多的對接，以確保運輸的順利進行。
孫東亦闡述，根據《綱要》的指示，將積極探討保留內地籍人員在內地社會福利保障的相關安排，並表示香港人員到深圳工作不會影響他們在香港的福利，這樣的設計旨在消除內地員工的“後顧之憂”，以吸引更多優秀人才進駐園區，進而促進科技創新與發展的進一步升級。這一系列的設計理念與規劃將為未來的河套科技創新區鋪設良好的基礎，也將成為中港科技合作的重要平台。
