港深創科園的樓宇高度規劃備受矚目，根據2013年的環境影響評估（環評）報告，該園區的建築物高度僅作為「建議」，並未設有強制性的限制。然而，隨著首期建築計劃的推進，樓宇高度已經大幅上升，最高可達40層，這是當年環評建議的四倍之多，環保團體隨之表達了對此狀況的強烈關切。
世界自然基金會香港分會的香港生物多樣性及保育政策高級經理劉兆強指出，這一現象「絕對令人擔心」。他指，環評報告所提出的高度建議若未經嚴格遵循，不僅違背了初衷，也使得原有的環境保障措施蕩然無存。劉兆強還指，因環評報告未對建築物高度設限，政府在法律程序上無需重新進行評估，這無疑是環評流程中的一個重大漏洞。
從2013年簽發的「落馬洲河套地區發展」環境許可證出發，記者查詢到該許可證並未對相關地區的建築物高度提出具體的限制，這使得港深創科園公司在今次計劃中無需進行更多的環境影響評估。劉兆強呼籲相關開發商主動更新保育措施，並與各利益相關者進行交流，以降低開發帶來的生態影響。
香港觀鳥會的高級保育主任黃雪媚對此次樓宇高度變更表示擔憂，警告稱若未來的發展計劃與2013年環評報告中所提出的內容不符，將會致使生態環境受到毀滅性的影響。她強調，應遵循環評報告所提出的緩解保育措施，積極應對樓宇高度提升所帶來的生態影響，並進行必要的修復工作。
此外，黃雪媚指出，現在的環評機制存在不少改善空間。她對於環境許可證更改只需要環保署署長的批准，不再需要進行公眾諮詢的做法表示不滿，強調應該提供環保團體發表意見的機會，以確保各方能參與討論可能對環境產生影響的項目。
隨著港深創科園的發展引發的環境問題逐漸浮出水面，相關部門是否能夠及時回應並積極改善目前環評機制，將在相當程度上決定未來園區發展的走向與生態的可持續性。各界的關注與呼籲，無疑是推動這一進程的重要力量。
