港鐵公司目前正在東鐵綫的落馬洲支綫上進行古洞站的建設，隨後將陸續展開包括北環綫古洞站在內的主綫工程。根據《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》，未來港深創科園將受益於完善的鐵路網絡，特別是一條全長約5.8公里的北環綫支線，將從新田站出發，經過新田科技城，並貫穿港深創科園，最終連接到深圳的新皇崗口岸。這項工程將顯著改善內地與香港之間的跨境交通，並增強河套區與香港市區的交通聯繫。
然而，北環綫支線在港深創科園的地面出入口位置，引起了生態保護方面的關注。根據《星島》記者查閱的資料顯示，政府在2020年向立法會提交的文件中提到，港深創科園的第一期和第二期之間，將保留約3公頃的「蘆葦保護區」，並設有「T型」連接外環生態區的設計。該蘆葦叢區不僅是珍貴的生態系統，還計劃用作休憩用地，並與園區的「活動走廊」相連。近期的《綱要》圖則中，原本標示的「活動走廊」已被重新規劃為「中央公園」用地，而港鐵的地面出入口卻正好位於蘆葦區的上方，讓人擔心鐵路的走線可能會對該生態區造成影響。
路政署在回覆中表示，根據港鐵的初步計劃，擬議的北環綫支線將不會在蘆葦保護區內設置車站或相關出入口。他們進一步指出，港鐵在推進下一階段的詳細規劃及設計時，將進行更深入的研究，以確定項目的走線、車站及出入口的位置。所有相關研究和法定程序，包括環境影響評估，將會遵循《環境影響評估條例》的要求，以確保建設項目對周邊環境的影響降到最低。
隨著港深創科園及北環綫的逐步實施，如何在促進交通發展與生態保護之間取得平衡，將是一項重要的挑戰和考驗，值得各方持續關注。
