在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中的指導方針下，該園區的規劃與設計，始終堅持以環境、社會以及管治（ESG）標準為核心，並注重綠色與低碳的發展理念。然而，隨著總樓面面積的增加，第一次開發的樓高限制亦有了顯著調整，由原本的10層提升至最高40層。這一改變引起了環保團體的關注與批評，認為這與早期對鳥類飛行路線的考量產生了矛盾，但創新科技及工業局局長孫東表示，這一設計仍然充分尊重環境保護的需求。
孫東在接受《星島》採訪時強調，儘管樓高有所放寬，規劃團隊充分考慮了生態保護的因素。他指出，最南端的人才公寓仍然設定為不超過2層，正是因為考慮到雀鳥的飛行路徑，以避免對生態環境造成不必要的干擾。他還提到，設計過程中確保沒有觸犯自然保護區的規定，因此項目的綠色生態保護得到妥善的安排與考量。
關於第一期園區的實際運作，孫東透露，預計在明年啟用之後，將有首批千人進駐。此外，目前已有數十間潛在租戶洽談中，並預計一百間相關企業進駐，其中以生命健康科技企業為主。社會各界對於這一業務聚集的趨勢表現出濃厚的興趣，未來的發展潛力不可小覷。
針對第二期的建設計劃，孫東指出，隨著第一期總樓面面積達到100萬平方米，這幾乎等同於原定的兩期完成後的總面積。因此，為能加速發展，第二期的相關建設需求必須重新進行城規評估。他表示，除了計劃在應急醫院原址建立的現代化醫學大樓，其他用地也初步規劃中，不過具體細節仍需保存空間，這主要是出於「戰略留白」。
在運輸安排方面，隨著園區的開放，內地人員在初期主要通過落馬洲口岸進行過境。孫東提到，屆時將會設立特別通道，以便特定人員透過專車直達園區，而香港人員則需在特定站點集合入園。這些具體措施將與保安局及運輸及物流局進行進一步的協調，以確保方案的可行性與安全性。
此外，他提出《綱要》中有關探索保留內地籍人員的社會保障安排，希望內地員工在香港工作不會影響他們在內地的福祉，這樣可以減少他們的顧慮，進而吸引更多的人才來到園區發展。此舉將有助於深化深港兩地的合作，推動科技創新及經濟發展，為區域的繁榮注入新的動力。
