在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中，香港園區計劃在設計、企業引進及管理方面，牢牢把握環境、社會和管治（ESG）及綠色低碳的理念。然而，第一期樓宇的總樓面面積卻因開發需求而急劇上升，原本限制在10層的高度，已被放寬至最高不超過40層的規定。
關於這一變化，有環保團體對政府的決策表示擔憂，認為此舉違反了2021年為了保障鳥類飛行路徑而制定的限高政策。創新科技及工業局局長孫東在接受《星島》採訪時，強調在進行樓高設計的時候，已充分納入環境保護的各項考量。他指出，位於園區最南端的人才公寓保持2層的高度，就是為了保護雀鳥的飛行路徑，顯示出設計團隊對生態保護的周全考量，並強調這樣的設計也未觸及任何自然保護區，確保生態環境的安全與和諧。他表示，「綠色生態保護全部有考慮進去，不然過不了城規會。」
孫東進一步透露，第一期園區預計於明年啟用，屆時將首先有千人進駐。此舉不僅能夠為本港創造更多就業機會，也能吸引內地企業和人才的加盟。根據目前的進展，已有多達百間企業正在洽談入駐，絕大部分為生命健康科技領域的企業。隨著園區的運行，內地人員主要通過落馬洲口岸過境，當局已計劃設立特殊通道，方便特定人員搭乘專車直達園區，而香港人員則需在特定的上車地點進入園區，這些具體措施仍需與相關的保安及運輸部門進一步協調。
在談及第二期的發展時，孫東表示，由於第一期的總樓面面積增至100萬平方米，幾乎達到了原本兩期合併發展後的面積，這使得第二期的發展計劃需要重新進行城規設計。他提到，除了計劃在應急醫院原址上建立現代化醫學大樓外，其餘土地的規劃也在初步考量中。孫東形容這種不特別細化的做法是出於「戰略留白」。他相信，隨著時間的推移，內地政府將在2027年之後盡快確定第二期的具體發展方向與方案。
另外，孫東也明言，政府積極探討保留內地籍人員在內地的社會福利保障的方案，以期在吸引人才方面提供更友好的環境。他強調，香港人員赴深圳工作不會對他們的本港福利造成影響，這一點對於吸引內地優秀人才投入園區的工作至關重要，將有效減少他們在工作選擇上的「後顧之憂」。這項措施在未來的發展中，期待能為園區注入更多的活力與激情，助力香港科技創新及經濟的蓬勃發展。
