隨著《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》的發佈，香港園區的規劃設計逐漸明朗，並在引進企業及管理上秉持環境、社會及管治（ESG）原則，以及綠色和低碳的理念。然而，在面對總樓面積的顯著增加的同時，第一期的樓宇高度也隨之大幅提升，由先前限制的10層增加至不超過40層。這一決策引起了一些環保團體的關注，認為與2021年推出的規劃相悖，該規劃考慮了鳥類的飛行路徑，因此在樓高上設下了限制。
針對這一批評，創新科技及工業局局長孫東在接受《星島》專訪時強調，樓高的設計已充分考量環境保護的各個要素。他指出，即使是園區最南端的人才公寓，也仍限高至兩層，正是出於對鳥類飛行路徑的考慮，因此在設計上有意降低建築高度。他明言，這樣的設計不僅不會觸及自然保護區，還充分融入了綠色生態保護的理念，因為如果不考慮這些因素，規劃將無法通過城規的審查。
孫東透露，第一期園區計畫於明年啟用，預計將會有大約千人進駐該區域。隨著樓面面積的增至100萬平方米，這個數字幾乎等同於原定兩期全面發展後的總樓面面積，因此在加速發展的背景下，第二期的規劃需要重新進行城市規劃。孫東表示，除了計劃在應急醫院原址建設一座現代化的醫學大樓外，對於其餘的用地則也有初步規劃，並強調不會過於細化，這其實是出於「戰略留白」考量。他相信在2027年之後，內地政府會重視確定第二期的發展策略，以更好地推動項目進展。
在園區開放的初期，內地的人員將主要依靠落馬洲口岸進行過境。孫東解釋，屆時將會設置特殊通道安排，讓特定人員能夠便捷地專車前往園區，而香港人員則需在指定的站點換乘前往工作地點。具體的措施還需與保安局以及運輸及物流局進一步溝通。他又提到，在《綱要》中提到的積極探討保留內地籍人員在內地社會福利保障問題，孫東解釋道，香港人員前往深圳工作的安排不會影響他們在香港的福利，因此他期待內地的人員能夠有相應的保障措施，以幫助內地員工消除「後顧之憂」，從而吸引更多人才前往園區工作，推動科技創新與經濟發展。
