《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》充分體現了香港對環境保護的重視，並強調在規劃設計、企業引入及管理上，必須堅持環境、社會及管治（ESG）原則、以及推動綠色及低碳理念。然而，隨著總樓面面積的倍增，第一期園區的樓層高度已從原本不超過10層，提升至最高可達40層，這一變動引起了一些環保團體的質疑。
面對質疑，創新科技及工業局局長孫東在接受媒體訪問時表示，樓高的放寬並不是任意決定，設計之初就已充分考慮了生態平衡，特別是鳥類的飛行路徑。例如，位於園區最南端的人才公寓仍限制為2層，這是為了避免對雀鳥的影響。他強調，該項設計未觸及自然保護區的界限，綠色生態的保護始終是整個規劃的重心，任何設計若未能符合生態標準，都不會獲得城規的通過。
窺探園區的未來，孫東預計，在明年第一期園區啟用後，將有超過千名的專業人士進駐。目前已有數十家潛在租戶，其中大部分是生命健康科技企業，並正在與近百家企業洽談合作，顯示該區域在科技及創新領域的吸引力。此外，園區開放初期主要依賴落馬洲口岸進行人員過境，為便利內地人員進入，特定人員將設有專車接送，而香港居民則需在特定站點上車進入園區。
有關第二期園區的發展，孫東坦言，由於第一期的總樓面面積已經增至高達100萬平方米，這幾乎等同於原計劃中兩期全面發展後的總樓面面積。因此，第二期的規劃需重新制定，除了計劃在應急醫院原址興建現代化醫學大樓外，其餘土地也正在規劃中。他提到，對於未來的具體發展方案，暫不細化是出於「戰略留白」，期望在2027年後更清晰地確定第二期的發展藍圖。
隨著園區的逐步實現，孫東強調，將積極探討保留在內地工作的香港人員的社會福利保障，以減少在內地工作的「後顧之憂」。這對於吸引更多人才前來園區工作將起到積極的作用，也展示了香港在推動科技創新和生態保護方面的努力與奮鬥方向。
