香港河套深港科技創新合作區的發展規劃中，環境保護的重要性被明確強調。根據《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》，該園區在設計、企業引進及管理上都十分注重環境、社會及管治（ESG）的原則，並致力於推動綠色及低碳發展。不過，隨著總樓面面積的增長，第一期的樓宇高度限制也作出了顯著調整，從最初不超過10層提升至最高可達40層，這一變化引起了業界及環保團體的熱烈討論。
此項修改引來環保團體的批評，認為在2021年的規劃中，為了保障雀鳥的飛行路徑而限制樓層高度的做法似乎遭到違反。然而，創新科技及工業局局長孫東在接受《星島》專訪時表示，這次設計樓高的調整是基於全面的環境考量進行的，特別是對於保護生態的重視。他指出，即使是園區最南端的人才公寓，仍保持在2層的限制，這都是為了顧及雀鳥的飛行路徑，充分展現了對生態環境的尊重和保護。此外，他強調，整個規劃過程中都考慮到了周邊的自然保護區，確保不會對生態環境造成負面影響，他表示：「如果沒有考慮到這些問題，根本無法通過城市規劃的審核。」
進一步解釋第一期園區的發展計劃，孫東提到，這一階段的總樓面面積已增至100萬平方米，這一數字幾乎相當於最初兩期發展完成後的總面積。在這樣的背景下，第二期的規劃需要重新進行城市規劃的評估和設計。他提到，第二期除了計劃在應急醫院的原址上建設現代醫學大樓外，還有其他用地的初步規劃方案，儘管目前尚未細化，但這一策略被視為「戰略留白」，他相信到2027年後，內地政府將會加快確定第二期的開發進程。
孫東還透露，第一期園區將於明年啟用，預計將有千名工作人員進駐。現在已有數十家潛在租戶，總數接近百間進行洽談，其中大多數為生命健康科技企業。在園區開放初期，內地人員主要通過落馬洲口岸過境，屆時將設有特殊通道，讓特定人員可坐專車前往園區，香港人士則需在指定站點上車進入園區。具體的安保及交通安排仍需與保安局及運輸物流局進一步協作商討。
針對《綱要》中提及的保留內地籍人員社會保障議題，孫東進一步解釋，香港人員赴深圳工作不會影響在港的福利，因此期望對內地人員也有類似安排，這將有助於減輕內地員工的後顧之憂，更加吸引優秀人才來到園區工作，共同推動科技創新與經濟發展。這一系列措施顯示出政府對人才引進政策的重視，以及對於科技產業未來發展的信心。
