在《河套深港科技創新合作區香港園區發展綱要》中，環境、社會和管治（ESG）以及綠色低碳理念是規劃設計、企業引進及管理的核心指導原則。然而，隨著總樓面面積的倍增，第一期的建築設計不得不進行調整，樓層數由原先不超過10層提升至不高於40層，引起了部分環保團體的關注與質疑。
創新科技及工業局局長孫東在接受《星島》專訪時表示，雖然樓高的放寬似乎與2021年的規劃背道而馳，但設計過程中經過多方考量，特別是對環境保護的重視。他指出，在設計第一期的人才公寓時，最南端的樓宇仍然限制在2層高，這樣的高度是為了確保不影響雀鳥的飛行路徑，彰顯了整個規劃中對生態保護的重視。「我們已經考慮到所有綠色生態保護的要素，否則城規也無法通過。」他強調。
第一期的園區預計在明年啟用，最初將吸引約千名專業人士入駐。園區的總樓面面積將增至100萬平方米，這一數字幾乎等於原本兩期全面發展後的總樓面面積，這一驚人的擴張使得孫東不得不重新考慮第二期的城市規劃，並將其部分功能整合至第一期。他表示，第二期的發展計劃目前仍在初步階段，除了計劃在應急醫院的原址上建設現代化醫學大樓，尚未詳細細化其餘用途，這被他形容為「戰略留白」，他相信在2027年之後，內地政府將會加快確定第二期的具體發展方案。
孫東同時透露，目前園區內已經有數十間潛在租戶進行商談，總數接近百間，這些企業大多集中於生命健康科技領域，顯示出該園區在該行業的強大吸引力。開放初期，內地人員將主要透過落馬洲口岸過境，而為了順利進入園區，將會設置特殊通道，提供便利的專車服務，同時香港人員也需在特定站點搭乘入園，與有關部門的協調工作仍在進行中。
他補充道，針對《綱要》中提到的積極探討保留內地籍人員在內地社會福利保障的方案，孫東表示，香港人員前往深圳工作的安排不會影響他們在香港的福利，因此希望內地人員也能夠獲得類似的保障，消除他們的「後顧之憂」，以吸引更多人才選擇在園區工作，助力於這個科技創新合作區的可持續發展。
